HPV病毒治療性疫苗的使用前提是，人體已感染了高危型HPV病毒。在此種情況下，高危型HPV病毒已形成兩種感染模式：活動性感染和潛伏性感染，此時，治療性疫苗只能通過免疫作用阻止病毒某抗原基因的表達(dá)或清除病毒粒子，但對“潛伏性感染”病毒作用甚微。這可能就是治療性疫苗難以有大的突破的原因。